วัดปากคลองบางขนาก ตั้งเมื่อ พ.ศ. 2339 ตั้งอยู่ปากคลองแสนแสบเชื่อมกับแม่น้ำบางประกง เดิมมีป่าหนาแน่นเป็นจำนวนมาก มีผู้เล่าว่า ได้มีพระภิกษุ 2 พี่น้อง ได้ใช้เรือเป็นพาหนะ ภิกษุทั้งสองรูปนี้เป็นผู้มีวิชาอาคม เป็นที่นับถือของประชาชนโดยทั่วๆไป พระทั้งสองรูปจะไม่จำวัดบนวัด แต่จะจำอยู่ในเรือลำนั้น และได้ชักชวนประชาชนสร้างวัดขึ้นที่ปากคลองบางขนาก และได้ตั้งชื่อว่าวัดปากคลองบางขนาก