ภายในพิพิธภัณฑ์แบ่งออกเป็น 6 ห้องหลัก ได้แก่ ห้องแรกเป็นห้องสมุด รวบรวมเอกสารต่างๆที่เกี่ยวข้องกับเกาะลันตาที่มีอยู่ทั้งในอดีตและปัจจุบัน(เอกสารรวบรวมการศึกษาเพื่อทำพิพิธภัณฑ์) ห้องที่สองคือห้องนายอำเภอ จัดแสดงข้าวของเครื่องใช้ของนายอำเภอ เช่น โต๊ะนายอำเภอ โทรทัศน์ เครื่องพิมพ์ดีด เป็นต้น ห้องต่อไปเป็นห้องวัฒนธรรมชาวจีน ห้องวัฒนธรรมชาวเล และห้องวัฒนธรรมชาวมลายูหรือมุสลิม ซึ่งทั้งสามห้องนี้จะอยู่เรียงติดกัน บ่งบอกถึงวิถีชีวิตความเป็นอยู่ของแต่ละกลุมชาติพันธุ์ จัดแสดงข้าวของเครื่องใช้ที่เป็นเอกลักษณ์ และห้องสุดท้ายจะเป็นหุ่นจำลองวิถีชีวิตต่างๆ ของผู้คนบนเกาะ เช่น หุ่นจำลองแสดงการจับปลา ป่าชายเลน เต่าเผาถ่านจำลอง เป็นต้น เพื่อสร้างความมีชีวิตชีวาให้กับผู้เยี่ยมชม ส่วนด้านหน้าพิพิธภัณฑ์ตกแต่งเป็นสานสาธารณะเล็กๆ ให้แก่ผู้เข้าชมได้พักผ่อนด้วย