ภายในวนอุทยานถ่ำผาตูบเป็นภูเขาค่อนข้างเป็นหินรายรอบติดต่อกัน นับจากทางด้านเหนือลงมา มีถ้ำผาตูบ เขาถ้ำพระเขาป่าซาง เขาบ่อน้ำทิพย์ เขาผาผักเฮือก เขาม่อนมะฝางและเขาหน้าต่ำ เป็นต้น ซึ่งเขาเหล่านี้มีอาณาเขตติดต่อเป็นเทือกเขาเดียวกัน ตั้งแต่ถ้ำผาตูบลงมาทางทิศใต้จนถึงเขาผาผักเฮือก แล้ววกกลับที่เขาม่อนมะฝางติดต่อไปยังเขาหน้าผาต่ำและอื่นๆ ตามที่มีเขาต่างๆติดต่อกันและวนกลับเช่นนี้ จึงเป็นเหตุให้มีป่าเกิดขึ้นอยู่ในบริเวณล้อมรอบของเขาดังกล่าวที่ชาวบ้านเรียกว่า “ หนองน่าน “  สภาพป่าเป็นป่าดงดิบและป่าเบญจพรรณ พันธุ์ไม้ที่พบได้แก่ สัก พะยูง ตะแบก แดง ตีนเป็ด รกฟ้า ยอป่า เป็นต้น และยังมีสมุนไพรและเถาวัลย์ชนิดต่างๆเป็นไม้พื้นล่างขึ้นอยู่หนาแน่น  สัตว์ป่าที่พบได้แก่ เลียงผา หมูป่า เก้ง กระจง ไก่ป่า กระรอก อีเห็น งู หมี และนกชนิดต่างๆ