ในอดีตบริเวณวัดบางขนุนเคยเจริญรุ่งเรืองอย่างมากหลังจากกรุงศรีอยุธยาแตกได้มีพวกเจ้านายลี้ภัยการเมืองมาพักที่วัดแห่งนี้และร่วมกันบูรณะในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชรัชกาลที่ 1 สิ่งสำคัญภายในวัดได้แก่พระอุโบสถหอไตรกลางน้ำสังเค็ดหรือเรือนสวดและหินบดยาสำหรับบดยาแผนโบราณทั้งยังมีสมุดข่อยเกี่ยวกับตำราแพทย์แผนโบราณอีกหลายฉบับนอกจากนี้ยังมีตำราเจ็ดคัมภีร์ภาพทศชาติสันนิษฐานว่าสร้างในสมัยรัชกาลที่ 1 ส่วนตำราแพทย์โบราณตำรากฎหมายและตำราโหราศาสตร์สร้างขึ้นสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 6 ถึงสมัยพระบาทสมเด็จพระปกเกล้าเจ้าอยู่หัวรัชกาลที่ 7 ปัจจุบันเหลือเป็นบางฉบับเท่านั้นและยังมีธรรมาสน์หรือที่นั่งเดี่ยวสำหรับพระสงฆ์นั่งเทศนาในสมัยอยุธยาตอนปลายด้วยมีหลักฐานสำคัญทางประวัติศาสตร์มากมายวัดบางขนุนจึงได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถานแห่งชาติเมื่อปีพ.ศ.2541