เขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าสลักพระมีลักษณะคล้ายรูปลิ่มวางตัวไปตามแนวเหนือ – ใต้ ภูมิประเทศส่วนใหญ่เป็นภูเขาสลับซับซ้อน และประกอบด้วยที่ราบระหว่างหุบเขา เป็นแหล่งต้นน้ำที่สำคัญของลำน้ำแควใหญ่ มีระดับความสูงของพื้นที่จากระดับน้ำทะเลปานกลาง ประมาณ 700 – 1,000 เมตร ยอดเขาที่สูงที่สุดคือ “เขาหัวโลน” สูงประมาณ 1,170 เมตรจากระดับน้ำทะเลปานกลางอยู่ในตอนกลางของเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าสลักพระ เป็นแหล่งต้นน้ำลำธารหลายสาย คือ ห้วยสะด่อง ห้วนแม่ละมุ่น ห้วยแม่ปลาสร้อย ห้วยยากากี่ ยอดเขาที่สูงรองลงมาคือ “เขาสูง” มีความสูงจากระดับนำทะเลปานกลางประมาณ 1,149 เมตร ในพื้นที่ตอนเหนือของเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าสลักพระเป็นแหล่งต้นน้ำของห้วย อีซู ห้วยน้ำขาว ห้วยกระพร้อย และห้วยแม่ละมุ่น